El término jardín botánico, suele definirse como una colección de plantas, en realidad un museo viviente de plantas vivas reunidas con fines de estudio científico, investigación o preservación, se utiliza generalmente para referirse a los jardines sistemáticos en la tradición de los jardines médicos universitarios que se originaron en el Renacimiento y principios de la Europa moderna. De hecho, el cultivo de plantas ha contribuido desde hace mucho tiempo al conocimiento, como se ve, por ejemplo, en los jardines de la antigua China y el Cercano Oriente y las hierbas que generaban. Se dice, que el botánico griego antiguo Teofrasto de Eresos realizó sus estudios en un jardín adjunto al Liceo de Aristóteles, en un bosque cerca de Atenas.
Durante la Edad Media europea, los jardines monásticos se usaban para cultivar no solo frutas y verduras para el uso de los monjes, sino también hierbas medicinales, preservando gran parte del conocimiento botánico acumulado. Europa no fue el único sitio de actividad botánica a medida que la Edad Media se acercaba a su fin; Una red de jardines islámicos benefició a los eruditos, mientras que Hernán Cortés, explorando las tierras de México en 1519, quedó asombrado por la visión de los espléndidos jardines reales aztecas de Iztapaplan, dos décadas antes de la fundación de los primeros jardines universitarios europeos.
Después de bien visto todo aquello fuimos a la huerta y jardín, que fue cosa admirable verlo y pasearlo, que no me hartaba de mirar la diversidad de árboles y los olores que cada uno tenía, y andenes llenos de rosas y flores, y muchos frutales y rosales de la tierra, y un estanque de agua dulce, y otra cosa de ver: que podían entrar en el vergel grandes canoas desde la laguna por una abertura que tenía hecha, sin saltar en tierra, y todo muy encalado y lucido.
Conquista de México, extracto del relato de Bernal Díaz.
Sin embargo, fue en la Italia del Renacimiento donde se moldeó la forma característica del jardín botánico europeo. La época vio una proliferación de jardines de todo tipo, a medida que nuevas actitudes que favorecían la apreciación de la naturaleza y la apertura hacia el mundo, llevaron a príncipes y comerciantes por igual a construir jardines para su placer privado. Con su floreciente vida urbana y sus amplios contactos comerciales, Italia estaba en el centro de estos desarrollos, aunque el entusiasmo por la jardinería también tocó muchas otras áreas de la Europa del siglo XVI; El erudito suizo Conrad Gessner (1516-1565), por ejemplo, dedicó un libro entero —De hortis Germaniae (Sobre los jardines de Alemania, 1561)— a una enumeración admirativa de los jardines de los territorios alemanes. Pero fue en Italia donde el jardín botánico entró por primera vez en la universidad, asumiendo en el proceso sus ambiciones y diseño clásicos. En los años 1543-1544, el profesor de medicina Luca Ghini (ca. 1490-1556), que fuera llamado a Pisa, construyó allí un jardín sistemático para el uso de sus alumnos. En pocos años, jardines similares habían surgido en toda Italia, sobre todo en Padua, Florencia, Bolonia y Roma.
El siglo siguiente vio una ola de fundaciones de jardines botánicos públicos en toda Europa, ya que las universidades del norte buscaban emular a sus homólogas del sur y los príncipes aspiraban a adornar sus capitales. El proceso de creación y equipamiento de jardines solía ser largo, por lo que todavía existe mucho debate sobre sus fechas de origen; por dar una lista parcial, se establecieron jardines botánicos en Zúrich (1560), Leiden (1577), Leipzig (1579), Heidelberg (1593), París (1597 y 1626), Montpellier (1598), Giessen (1605), Estrasburgo (1620), Oxford (1621), Altdorf (1626), Jena (1629), Uppsala (1657–1665), Chelsea (1673), Edimburgo (1680), Berlín (1679), Halle (1698), Ámsterdam (1682) y San Petersburgo (1713). En 1653, la obra de Simon Paulli (1603-1680) Viridaria varia regia et academia publica (Varios jardines reales y academias públicas) ofrecía a los lectores un recorrido intelectual por siete de los jardines reales y universitarios más destacados, documentando hasta qué punto la cultura del jardín botánico se había vuelto verdaderamente internacional en esa época.
El típico hortus medicus, o jardín de plantas medicinales (también se encuentra el término hortus botanicus, pero con menos frecuencia), mostraba ciertas características. Dispuesto geométricamente en filas de pequeños macizos, en los que las plantas se agrupaban según varios sistemas, permitía a los profesores de medicina demostrar fácilmente las “hierbas medicinales” (simples), que literalmente podían guiar a sus estudiantes a través del reino vegetal. Estudios recientes han destacado otro aspecto de este diseño de jardín altamente formalizado: la forma en que los jardines botánicos de principios de la era moderna evocaban imágenes del Jardín del Edén. Los jardines botánicos, rodeados de muros cuadrados o circulares y a menudo divididos en sectores plantados para representar los cuatro rincones del mundo, reunían simbólicamente especies de todo el mundo, pareciendo reunirlas en un nuevo paraíso terrenal. De hecho, los primeros jardines botánicos estaban compuestos en gran parte por plantas europeas, como los jardines monásticos medievales que los precedieron; pero los directores de jardines buscaban cada vez más ejemplares raros y exóticos para sus propias instalaciones.
Las ediciones sucesivas de catálogos de jardines muestran un aumento constante en el número de especies cultivadas, con una afluencia a finales del siglo XVI de bulbos del Mediterráneo oriental, seguida de oleadas de plantas del siglo XVII de las costas más distantes de América, África y Asia. Para albergar a estos recién llegados, los jardines solían añadir un invernáculo, con sistemas de calefacción cada vez más elaborados, diseñados para mantener vivas las plantas tropicales durante los meses fríos de invierno. Estas estructuras y extensiones se convirtieron en características muy visibles del jardín botánico a medida que este se expandía.
Este cambio de enfoque fue paralelo a un desarrollo igualmente importante. Mientras que las plantas medicinales habían proporcionado la inspiración principal para los primeros jardines botánicos, los jardines posteriores abrieron cada vez más sus horizontes al estudio sistemático de todas las plantas, independientemente de sus propiedades medicinales. En el proceso, contribuyeron en gran medida al desarrollo de la botánica como una disciplina que ya no era meramente auxiliar de la medicina. A menudo integrados con otras instituciones de la Nueva Ciencia como teatros de anatomía, laboratorios químicos y colecciones de curiosidades, los jardines botánicos llegaron a servir como centros clave para la práctica de la historia natural y la filosofía durante la Revolución Científica. Aún queda mucho por investigar sobre el papel de los jardines botánicos como sitios para actividades tan importantes como la recopilación de herbarios (colecciones de plantas secas), la organización de excursiones botánicas o viajes de campo para estudiar la flora local y la formación de actitudes de la primera era moderna hacia la diversidad y el cambio en el mundo natural.